免疫失败的原因可能存在于三个方面：
第一，疫苗毒与野毒的抗原性间存在差异。目前我国养殖业界和疫苗生产企业对这方面的认识存在较大争议，部分企业界人士认为我国许多地方流行的蓝耳病毒仍是经典美洲型病毒，但这一认识可能与现实有较大差距。天津市疫控中心等多家研究机构对我国近几年来蓝耳病流行毒株的基因相似性进行对比，结果发现，我国的流行毒株不但与进口疫苗2332株有明显差异，与我国早先的经典疫苗毒株的亲缘性也较远。这足以说明，我国目前的流行毒株是高致病性蓝耳病的弱化毒株，其抗原性可能更接种于高致病性蓝耳病，而不是经典蓝耳病毒株。这一点需要特别注意。中国科学院动物研究所的研究人员也把我国蓝耳病的基因相似性与经典美洲株及欧洲株进行比较，结果我国蓝耳病毒不但在基因相似性方面有不同，其抗原性也有明显差异。
最新研究发现，如果把蓝耳病非结构蛋白的部分基因缺失的话，病毒对猪的毒力明显下降，但其刺激猪细胞免疫的能力大幅提升，这提示，过去的许多蓝耳病弱毒苗可能有一定的免疫抑制活性，这一点应引起注意。
第二方面，许多猪场并未根据自身的疫病流行特点制定免疫方案，加上此前的疫苗可散毒，总有部分猪处于易感状态，疫苗毒或野毒的循环感染造成猪场蓝耳病难以净化，形成长期的防疫隐患。因而，如何更好地理解蓝耳病的流行、感染、免疫特点成为制定免疫方案的关键。
第三方面，鉴于生产成本的压力，部分养猪场难以做到全封闭饲养，隔绝外部疫病传入就比较困难。实践发现，如果能有效地落实基础免疫、消毒隔离等措施，中小型猪场同样能远离蓝耳病。
总之，深入进行新形势下蓝耳病的临床研究，针对各猪场的具体情况，合理使用疫苗、消毒及隔离等防案，完全有可能控制不同养殖条件下的蓝耳病。
